De oudste sporen van menselijke bewoning dateren uit het (midden-)paleolithicum, oftewel de oude steentijd. In de grot Crvena Stijena (The Red Rock; gemeente Niksic nabij de grens met Bosnië en Herzegovina), zijn werktuigen gevonden en wapens voor de jacht, sacrale voorwerpen en sieraden, die dateren van circa 60.000 jaar geleden. Op verschillende andere plaatsen in heel Montenegro zijn sporen gevonden van nederzettingen uit het stenen tijdperk, maar ook uit het bronzen en ijzeren tijdperk. Aan de kust vindt u bijvoorbeeld prehistorische wandschilderingen in een grot nabij Risan in het dorp Lipci.
In de klassieke oudheid werd de westelijke Balkan bewoond door Illyrische stammen. Illyriërs stichtten de stad Skodra (huidige Skadar), dat ook de hoofdstad werd van de grote Illyrische staat in de 3e eeuw v.C. met koning Agron aan het hoofd. De Illyriërs kwamen vanwege piraterij op de Adriatische Zee steeds vaker in oorlog met de Romeinen. Na twee verloren slagen vielen alle Illyrische gebieden ten westen van de Baai van Kotor in handen van de Romeinen en trok de Illyrische koningin Teuta zich terug in de huidige plaats Risan. Een van de Illyrische stammen had nabij de huidige hoofdstad Podgorica een belangrijke stad Doclea (Duklja) gesticht. In de eeuwen erna veroverden de Romeinen de gehele Balkan. Tijdens de Romeinse heerschappij vormden zich permanente nederzettingen voornamelijk aan de kust: Rhisinium (Risan), Butua (Budva) en Olcinium (Ulcinj) en de belangrijkste landinwaarts: Anderba (Niksic) en Bersiminium (Podgorica). Na de tweedeling van het Romeinse Rijk in het jaar 395 n.C. viel het huidige Montenegro in het oostelijke deel. In Risan kunt u Romeinse mozaïeken bewonderen.
De eerste grotere golf van Slavische stammen komt in de vroege middeleeuwen (6e eeuw n.C.) naar het grondgebied van het huidige Montenegro. Er ontstaat een prinsdom Duklja (knezevina), dat in de 9e eeuw samen met andere prinsdommen aan de kust onder leiding van prins Vlastimir de eerste Servische staat zou vormen. Na een eeuw viel de staat uiteen en vervolgde prinsdom Duklja zelfstandig haar weg onder leiding van Jovan Vladimir. Hij is een belangrijk cult figuur gebleven, aangezien nog steeds ieder jaar zijn kruis de berg Rumija (boven de stad Bar) op wordt gedragen. In 1077 ontstaat een eerste koninkrijk met als stichters de familie Vojisavljevic en wordt territoriaal flink uitgebreid. Na circa 100 jaar is het koninkrijk dusdanig verzwakt, verliest het de status van een koninkrijk en valt het onder het gezag van Raska van Stefan Nemanja, van de Nemanjic dynastie.
In de 13e eeuw worden door de Nemanjici veel kloosters gebouwd, waarvan er nog velen bestaan zoals klooster Sveti Petar in Bijelo Polje, klooster Djurdjevi Stupovi in Berane en het Moraca klooster tussen Podgorica en Kolasin. Uit die periode wordt in geschriften voor het eerst de naam Crna Gora (Montenegro) genoemd. In het midden van de 14e eeuw wordt het koninkrijk of volgens sommige bronnen zelfs keizerrijk van keizer Dusan Nemanjic zo groot, dat het territorium zich zelfs over Griekenland, Bulgarije, Macedonië en Albanië uitstrekte. De heerschappij over een deel van het huidige Montenegro werd overgelaten aan de familie Balsic. Na het einde van de Nemanjic dynastie krijgt de Balsic familie concurrentie van de familie Crnojevic.
De Ottomanen (Turken) rukken op vanuit het oosten en vanuit het westen rukt de Republiek Venetië op. Aan laatstgenoemde valt de Baai van Kotor ten prooi en worden langdurig de steden Castelnuovo (Herceg Novi) en Cattaro (Kotor) bezet en belangrijke handelsplaatsen. Perast ontwikkelt zich als een elitaire plaats voor zeevaarders en kapiteinen met een belangrijke school voor zeevaarders. De Republiek Venetië erkent Stefan Crnojevic als machthebber over (het binnenland van) Montenegro (toen bekend als Zeta). In 1479 verliest hij een slag van de Ottomanen en moet vluchten naar gebied van de Republiek Venetië. Onder zijn zoon Ivan Crnojevic wordt de nieuwe zetel van zijn imperium het huidige Cetinje in plaats van Zabljak Crnojevica aan het Skadarmeer. In Cetinje sticht heerser Ivan een groot klooster. De heerschappij van de familie Crnojevic is ook van cultureel belang, aangezien Ivan’s zoon Djuradj in 1492 een drukpers in Venetië kocht en de eerste drukkerij opende. Dit was een van de twee bestaande drukkerijen in het cyrillische schrift in heel Europa. In 1494 was het eerste boek gedrukt: Oktoih.
Ondanks dat de strijd tegen de Ottomanen al op het einde van de 14e eeuw was begonnen, viel in 1499 het grootste deel van het gebied in Ottomaanse handen. In de 16e eeuw kreeg Montenegro een soort autonome status binnen het Ottomaanse rijk en lastenverlichtingen. Toch wilden de Montenegrijnen niets weten van de Ottomanen en erkenden het Turkse rijk en heerschappij niet. In de 17e eeuw namen de opstanden toe. Montenegro werd een theocratie (staatsvorm gebaseerd op goddelijke macht; priesterheerschappij), in de vorm van een Prinsbisdom. Montenegro kwam tot ontwikkeling onder de prins-bisschoppen uit het geslacht van Petrovic-Njegos. In de 18e eeuw kwam het tot grotere overwinningen op de Turken en viel de Republiek Venetië in handen van Napoleon. Toen kwam de Baai van Kotor kortstondig onder heerschappij van het prinsbisdom, totdat het werd toebedeeld aan Oostenrijk (Habsburgers) op het Weense vredescongres. Prins- bisschop Petar I Petrovic Njegos probeerde in die tijd Montenegro te verenigen met Servië dat inmiddels ook in felle opstand was gekomen tegen de Turkse overheersers. Die poging mislukte, maar er kwam wel territorium bij in het noorden.
Opvolger Petar II Petrovic Njegos was een vermaarde heerser, hervormer, krijgsheer en dichter. Ter ere van hem is in nationaal park Lovcen op een van de hoogste toppen een mausoleum gemaakt waar hij voor eeuwig rust en over Montenegro waakt. Hij is voor de meeste Montenegrijnen (en Serven) een van de belangrijkste mensen uit hun (literaire) geschiedenis.
Knez Danilo Petrovic (knez = soort prins) transformeerde Montenegro van een theocratie naar een land met scheiding van kerk en wereldlijke macht. Vele veldslagen vonden plaats tegen de Ottomanen, waarbij de dappere en heldhaftige Montenegrijnen alom respect en aanzien afdwongen. In vele heldenliederen zijn de veldslagen bezongen hoe de dappere Montenegrijnen keer op keer de Turkse overmacht wisten te verslaan en zich nooit overgaven. Knez Danilo schreef een eerste grondwet (zakonik) en kon zo zijn macht versterken en de eigengereide lokale stammen en broederschappen (bratstva) enigszins in toom houden. Toch kreeg Knez Danilo het internationaal niet voor elkaar als land erkend te worden. Hij werd in 1860 in Kotor vermoord en per paard via een duizelingwekkende route naar zijn laatste rustplaats in Cetinje vervoerd.
Hij is opgevolgd door zijn neef Nikola I Petrovic Njegos. Rusland is enkele keren Montenegro diplomatiek te hulp geschoten en heeft het land gered van de Ottomanen. Zo is een historische en culturele band tussen beide landen ontstaan. In 1878 wordt in Berlijn een groot vredescongres gehouden waar ondermeer Servië en Montenegro volledige autonomie krijgen en territoriale uitbreiding. Knez Nikola moderniseert Montenegro verder, voert in 1905 de eerste echte grondwet door, waardoor Montenegro een koninkrijk werd. Zo werd knez Nikola kralj Nikola (kralj = koning) en hield alle macht bij zichzelf.
Er volgden nog drie grote oorlogen. In 1912-1913 de Balkanoorlog waar Montenegro zij aan zij met Servië, Bulgarije en Griekenland vocht tegen het Ottomaanse rijk. Vanaf 1914 strijdt Montenegro in de Eerste Wereldoorlog opnieuw zij aan zij met Servië tegen Duitsland en haar bondgenoten. In 1916 ontvlucht koning Nikola het land en capituleert Montenegro. In 1918 wordt het land bevrijd en besluit het parlement tot het samengaan van Montenegro met Servië. Tot 1926 bleef er enige interne onrust, doordat een minderheidsgroep koning Nikola terug wilde en tegen de eenheid met Servië was. Onder deze eenheid werd Montenegro onderdeel van het Koninkrijk van Serven, Kroaten en Slovenen, dat vanaf 1929 voor het eerst Koninkrijk Joegoslavië ging heten. De Tweede Wereldoorlog begon hier in 1941 toen koninkrijk Joegoslavië werd aangevallen door de asmogendheden. Na de eerste opstand op 13 juli 1941 (vandaar de nationale feestdag) werd hoofdstad Podgorica met 72 luchtbombardementen met de grond gelijk gemaakt. Het lukt in 1944 de partizanen van de KPJ (communistische partij van Joegoslavië) om Montenegro van de bezetters te bevrijden. Montenegro wordt een van de zes deelrepublieken van Tito’s Joegoslavië. Maarschalk Tito was de partizanenleider en president van Joegoslavië tot zijn dood in 1980. Podgorica werd opnieuw opgebouwd, maar heette sindsdien Titograd.
Eind jaren tachtig van de 20e eeuw wordt het onrustig in Joegoslavië en steekt nationalisme de kop op wat uiteindelijk leidt tot het uiteenvallen van het land, burgeroorlogen en economische achteruitgang. In Montenegro zelf is geen gewapend conflict geweest.
